今夜不再难眠,儿童肺炎感染查妖有法子了? | 传染病杂志

摘要: 肺炎是全球导致儿童死亡的主要原因,每年大约有100万儿童死于肺炎。本研究联合使用mNGS和多重PCR两种方法检测临床阴性的获得性肺炎 (CAP) 患儿样本,综合评估了两种检测方法在临床转化方面的优势。

11-09 01:25 首页 华大医学

导 读


肺炎是全球导致儿童死亡的主要原因,每年大约有100万儿童死于肺炎。美国有50%小于5岁的儿童患社区获得性肺炎 (CAP) 后需要住院,其中病毒感染致病最为常见。20%的患儿由于检测芯片覆盖不全面、病原菌基因突变、检测方法灵敏度不高等诸多因素不能准确检出病原菌,耽误治疗。而本研究联合使用mNGS和多重PCR两种方法检测临床阴性的CAP患儿样本,综合评估了两种检测方法在临床转化方面的优势。

原文标题:Viral Pathogen Detection by Metagenomics and Pan-Viral Group Polymerase Chain Reaction in Children With Pneumonia Lacking Identifiable Etiology.


研究内容


本研究纳入了EPIC研究中肺炎患儿,采集临床实验室检测阴性的、70个小于5岁患儿和90个无症状对照患儿的鼻咽/口咽拭子,使用基于二代测序的宏基因组 (mNGS) 方法特异性检测样本中的RNA病毒 (RNA-seq),同时设计多对引物进行多重PCR检测样本中的DNA病毒和RNA病毒。


实验结果


RNA-seq和多重 PCR检测与临床呼吸道病毒检测结果一致


本研究首先使用两种方法检测63例阳性患儿和52位无症状对照的患儿样本,用于评估两种方法的准确性。RNA-seq和多重 PCR分别检出了90%和57%的阳性患者病毒感染,两种方法联用检出93%阳性患者病毒感染。




技术行不行,需要已验证阳性样本再确认



RNA-seq和多重 PCR检出验证样本中未检出的呼吸道病毒


对于63例阳性患者,其中58例使用两种方法检出额外病毒感染,其中指环病毒、人类疱疹病毒6型和7型检出最为常见。少部分检出博卡病毒、星状病毒和人双埃可病毒等。




技术可行,还能获取额外信息:检出阳性样本中未检出病毒



RNA-seq和多重 PCR检出临床检测阴性样本中的呼吸道病毒


两种方法检出70例临床检测阴性的肺炎患儿中53例 (76%) 病毒感染。与对照相比,其中指环病毒、人类疱疹病毒6型和7型检出最为常见。少部分检出柯萨奇病毒、EB病毒、多瘤病毒、人乳头瘤病毒和单纯疱疹病毒等。




临床棘手阴性样本,新技术助攻让致病病毒无处可躲



RNA-seq和多重 PCR两种检测方法各有优势


RNA-seq和多重 PCR分别检出了22%和47%的临床检测阴性患者病毒感染,两种方法联用检出32%阴性患者病毒感染。RNA-seq检出更多种RNA病毒、甚至是衣原体和支原体,相比于多重 PCR更全面,多重 PCR 则检出RNA-seq未检出的DNA病毒。




术业有专攻,RNA病毒和DNA病毒检测需区分对待



mNGS技术前景广阔,临床转化优势明显


大于30%的肺炎患儿联合使用基于mNGS的RNA-seq和多重 PCR方法检出临床检测阴性样本中的人类副流感病毒、博卡病毒、柯萨奇病毒、鼻病毒等明确致病的病毒。RNA-seq在检测RNA病毒和多重PCR在检测DNA病毒方面各有优势。两种技术的对比提示同时使用mNGS技术进行RNA-seq和DNA-seq可以提高呼吸道病毒的检出率,帮助肺炎患者溯觅寻因,精准治疗。


本文评估了mNGS检测RNA病毒的能力,检你所检,查你未查,同时附带额外彩蛋,便是mNGS的优势所在。同时正如尾文所说,mNGS技术不仅可以检测DNA和RNA病毒,提高呼吸道病毒检出率,也可以全包含的检测细菌、真菌和寄生虫多种病原菌感染。感染病原高通量基因检测应用临床正是大势所趋。


Fig1. RNA-seq和多重 PCR两种检测方法检出病毒列表


于文章篇幅有限,本文未对原文展开详细描述,如有兴趣,请点击二维码。


原文引用:

Schlaberg, R., Queen, K., et al. (2017). Viral Pathogen Detection by Metagenomics and Pan-Viral Group Polymerase Chain Reaction in Children With Pneumonia Lacking Identifiable Etiology. The Journal of Infectious Diseases, 215(9), 1407-1415. DOI: https://doi.org/10.1093/infdis/jix148



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